La sequía es uno de los factores ambientales clave que afectan el crecimiento y el potencial de rendimiento del arroz. La forma del grano, por otro lado, es un factor importante que determina la apariencia, calidad y rendimiento de los granos de arroz. Aquí, re-secuenciamos 275 accesiones y luego realizamos un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) sobre seis rasgos agronómicos con los 404,411 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) derivados de la mejor predicción lineal no sesgada (BLUP) para cada rasgo. Bajo dos años de estrés por sequía (DS) y tratamientos de agua normal (NW), se detectaron un total de 16 QTLs asociados con la forma del grano de arroz y el peso del grano en los cromosomas 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 11 y 12. Además, estos QTLs fueron analizados mediante análisis de haplotipos y anotación funcional, y se identificó un clon y cinco nuevos genes candidatos en el intervalo candidato. Los hallazgos proporcionan información genética importante para la mejora molecular de la forma y el peso del grano en el arroz.