El perro Fonni es una antigua raza sarda para la protección de ganado y propiedades. En los últimos años, el número de nuevas inscripciones en el libro de cría ha disminuido y, por lo tanto, esta raza corre el riesgo de perderse para siempre. Este trabajo vuelve a centrar la atención en el perro Fonni, analizando su composición genómica y comparando diferentes puntuaciones de evaluación fenotípica y genética. Treinta perros Fonni fueron clasificados según su conformidad general con la tipicidad de la raza (puntuación de tipicidad) y con el estándar provisional por jueces oficiales (puntuación de los jueces). Fueron genotipados con un BeadChip de SNP de 230K y comparados con 379 perros de 24 razas. Genómicamente, los perros Fonni se colocaron cerca de los perros pastores y mostraron una firma genética única, que se utilizó para crear la puntuación genómica. Esta puntuación correlacionó mejor con la tipicidad ( = 0.69, < 0.0001) que la puntuación de los jueces ( = 0.63, = 0.0004), que mostró poca variabilidad entre los perros incluidos. La textura o el color del pelo estaban significativamente asociados en las tres puntuaciones. El perro Fonni se confirma como una raza bien diferenciada, a pesar de ser seleccionada principalmente por sus habilidades de trabajo. Los criterios de evaluación utilizados durante las exposiciones caninas pueden mejorarse para aumentar su variabilidad e incluir elementos típicos de la raza. La recuperación del perro Fonni solo sería posible con una visión compartida entre el club de criadores italiano y los criadores, y el apoyo de programas regionales.