Estadísticas descriptivas y análisis de número de copias a nivel genómico de los rasgos de producción de leche de las vacas Holstein chinas de Jiangsu
Autores: Zhu, Hao; Lu, Xubin; Jiang, Hui; Yang, Zhangping; Xu, Tianle
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Estadísticas descriptivas y análisis de número de copias a nivel genómico de los rasgos de producción de leche de las vacas Holstein chinas de Jiangsu
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Rasgos de producción de leche
Correlación genética
Análisis de variación en el número de copias
QTL
Vacas Holstein
Estudio genómico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Los rasgos de producción de leche son los rasgos económicos cuantitativos más importantes en la producción de vacas lecheras; mejorar el rendimiento y la calidad de la leche es una forma importante de garantizar la eficiencia de producción de la industria láctea. Este estudio llevó a cabo una serie de estudios de genética estadística y análisis moleculares en las vacas Holstein chinas en la provincia de Jiangsu, como estadísticas descriptivas y análisis de variación en el número de copias. Se analizaron una correlación genética, una correlación fenotípica y un análisis estadístico descriptivo de cinco rasgos de producción de leche (rendimiento de leche, porcentaje de grasa de la leche, rendimiento de grasa de la leche, porcentaje de proteína de la leche y rendimiento de proteína de la leche) de las vacas lecheras utilizando el software SPSS y DMU. A través del control de calidad, se utilizaron 4173 vacas y sus genomas para el estudio genómico. Luego, se detectaron SNPs utilizando chips de ADN, y se llevó a cabo un análisis de variación en el número de copias (CNV) para localizar los loci de rasgos cuantitativos (QTL) de los rasgos de producción de leche mediante el software Perl Penn CNV y el modelo oculto de Markov (HMM). Las medias fenotípicas del rendimiento de leche, porcentaje de grasa de la leche, masa de grasa de la leche, porcentaje de proteína de la leche y masa de proteína de la leche en el primer trimestre fueron inferiores a las de los otros trimestres en un 8.821%, 1.031%, 0.930%, 0.003% y 0.826%, respectivamente. Los cinco rasgos de producción de leche mostraron una correlación fenotípica positiva significativa (< 0.01) y una alta correlación genética positiva entre las tres paridades. Basado en los datos de SNP GGPBovine 100 K, se llevó a cabo una investigación de detección de QTL sobre el rendimiento de leche en la primera paridad de las vacas lecheras a través del CNV. Identificamos 1731 CNVs y 236 CNVRs en los 29 autosomas de 984 vacas lecheras Holstein, y 19 CNVRs estaban significativamente asociados con los rasgos de producción de leche (< 0.05). Estos CNVRs fueron analizados a través de un análisis bioinformático; un total de 13 términos de ontología genética (GO) y 20 vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) fueron significativamente enriquecidos (< 0.05), y estos términos y vías están principalmente relacionados con el metabolismo de lípidos, el metabolismo de aminoácidos y los procesos catabólicos celulares. Este estudio proporcionó una base teórica para la selección asistida por marcadores moleculares de vacas lecheras al desarrollar estadísticas descriptivas sobre los rasgos de producción de leche de las vacas lecheras y al localizar los QTL y genes funcionales que afectan los rasgos de producción de leche de las vacas lecheras primogénitas. Los resultados describen el estado básico de los rasgos de producción de leche de las vacas Holstein chinas en Jiangsu y localizan los QTL y genes funcionales que afectan los rasgos de producción de leche de las vacas primogénitas, proporcionando una base teórica para la selección asistida por marcadores moleculares de vacas lecheras.
Descripción
Los rasgos de producción de leche son los rasgos económicos cuantitativos más importantes en la producción de vacas lecheras; mejorar el rendimiento y la calidad de la leche es una forma importante de garantizar la eficiencia de producción de la industria láctea. Este estudio llevó a cabo una serie de estudios de genética estadística y análisis moleculares en las vacas Holstein chinas en la provincia de Jiangsu, como estadísticas descriptivas y análisis de variación en el número de copias. Se analizaron una correlación genética, una correlación fenotípica y un análisis estadístico descriptivo de cinco rasgos de producción de leche (rendimiento de leche, porcentaje de grasa de la leche, rendimiento de grasa de la leche, porcentaje de proteína de la leche y rendimiento de proteína de la leche) de las vacas lecheras utilizando el software SPSS y DMU. A través del control de calidad, se utilizaron 4173 vacas y sus genomas para el estudio genómico. Luego, se detectaron SNPs utilizando chips de ADN, y se llevó a cabo un análisis de variación en el número de copias (CNV) para localizar los loci de rasgos cuantitativos (QTL) de los rasgos de producción de leche mediante el software Perl Penn CNV y el modelo oculto de Markov (HMM). Las medias fenotípicas del rendimiento de leche, porcentaje de grasa de la leche, masa de grasa de la leche, porcentaje de proteína de la leche y masa de proteína de la leche en el primer trimestre fueron inferiores a las de los otros trimestres en un 8.821%, 1.031%, 0.930%, 0.003% y 0.826%, respectivamente. Los cinco rasgos de producción de leche mostraron una correlación fenotípica positiva significativa (< 0.01) y una alta correlación genética positiva entre las tres paridades. Basado en los datos de SNP GGPBovine 100 K, se llevó a cabo una investigación de detección de QTL sobre el rendimiento de leche en la primera paridad de las vacas lecheras a través del CNV. Identificamos 1731 CNVs y 236 CNVRs en los 29 autosomas de 984 vacas lecheras Holstein, y 19 CNVRs estaban significativamente asociados con los rasgos de producción de leche (< 0.05). Estos CNVRs fueron analizados a través de un análisis bioinformático; un total de 13 términos de ontología genética (GO) y 20 vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) fueron significativamente enriquecidos (< 0.05), y estos términos y vías están principalmente relacionados con el metabolismo de lípidos, el metabolismo de aminoácidos y los procesos catabólicos celulares. Este estudio proporcionó una base teórica para la selección asistida por marcadores moleculares de vacas lecheras al desarrollar estadísticas descriptivas sobre los rasgos de producción de leche de las vacas lecheras y al localizar los QTL y genes funcionales que afectan los rasgos de producción de leche de las vacas lecheras primogénitas. Los resultados describen el estado básico de los rasgos de producción de leche de las vacas Holstein chinas en Jiangsu y localizan los QTL y genes funcionales que afectan los rasgos de producción de leche de las vacas primogénitas, proporcionando una base teórica para la selección asistida por marcadores moleculares de vacas lecheras.