Como uno de los vegetales más importantes a nivel mundial, los pimientos han atraído una atención significativa de los criadores debido a sus diversos rasgos agronómicos, incluyendo el tipo de planta, la forma de la hoja y la madurez. Comprender los mecanismos genéticos subyacentes a estos rasgos es crucial para los avances sistemáticos en la cría de pimientos dulces. En este estudio, aprovechando el chip de cría líquida PepperSNP50K, realizamos un análisis exhaustivo de los rasgos hortícolas y la diversidad genética utilizando muestras de germoplasma de pimientos dulces. Inicialmente, las poblaciones de pimientos dulces fueron analizadas utilizando tecnología de chip líquido basada en SNP. Posteriormente, se realizaron encuestas fenotípicas en 217 muestras de pimientos dulces, y los datos fenotípicos recopilados se integraron con marcadores SNP para llevar a cabo un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) de rasgos agronómicos clave. Entre los 25 rasgos hortícolas evaluados, 11 mostraron asociaciones significativas con 54 regiones de polimerización de SNP y 193 genes candidatos. Estos hallazgos proporcionan una base sólida para la utilización de recursos de germoplasma de pimientos dulces y el desarrollo de nuevas variedades mejoradas. Además, en este estudio, identificamos Caz06g05770 (beta-ciclasa de licopeno) como un gen candidato responsable del color de los frutos maduros. Esta investigación no solo mejora nuestra comprensión de la base genética de los rasgos de los pimientos dulces, sino que también ofrece una hoja de ruta práctica para avanzar en los programas de cría y aumentar la productividad agrícola. Al cerrar la brecha entre la investigación genética y las aplicaciones prácticas de cría, este estudio allana el camino para el desarrollo de variedades de pimientos dulces de alto rendimiento y alta calidad, adaptadas para satisfacer las crecientes demandas de la agricultura global.