Aunque los estudios a nivel del genoma han identificado una serie de regiones candidatas que evolucionan bajo selección en animales domesticados y plantas cultivadas, se han realizado pocos intentos, desde el punto de vista de un proceso biológico definido, para evaluar la variación de secuencias y caracterizar los regímenes de selección sobre los motivos asociados a miARN. Aquí, realizamos una disección a nivel del genoma de la variación nucleotídica y la selección de los objetivos de miARN asociados con el desarrollo de flores de arroz. Al muestrear y resecuenciar 26 objetivos de miARN para poblaciones representativas globalmente diversas de arroz cultivado asiático y parientes silvestres, encontramos que la selección purificadora ha reducido la variación genética en los sitios de unión de miARN conservados en su conjunto, y las secuencias de unión de miARN altamente conservadas se mantuvieron en las poblaciones de arroz estudiadas. Por el contrario, la evolución no neutral de selección positiva y/o artificial acelera las variaciones elevadas en sitios de unión no conservados en un comportamiento específico de la población que puede haber contribuido a la variación fenotípica relacionada con el desarrollo de flores. En conjunto, nuestros resultados elucidan que los objetivos de miARN involucrados en el desarrollo de flores están bajo regímenes de selección distintivos durante la evolución del arroz.