La metilación del ADN es una modificación epigenética conservada y vital que desempeña roles esenciales en el crecimiento, desarrollo y respuestas de las plantas al estrés ambiental. Las metiltransferasas de ADN de citosina-5 (C5-MTasas) y las desmetilasas de ADN (dMTasas) son reguladores clave de la dinámica de la metilación del ADN. Sin embargo, una caracterización completa de estas familias de genes en la batata ha sido esquiva. En este estudio, identificamos y analizamos sistemáticamente ocho genes C5-MTasa y cinco genes dMTasa en los genomas de batata diploide (2n = 2x = 30) y autohexaploide (2n = 6x = 90). Los análisis filogenéticos, estructurales y de sintecnía revelaron un alto grado de conservación entre estos genes, sugiriendo sus roles esenciales durante la evolución. El análisis de promotores descubrió múltiples elementos cis-actuantes, particularmente aquellos sensibles a la luz y a hormonas. Además, examinamos el perfil de expresión de los genes IbC5-MTasas y IbdMTasas durante el desarrollo de la raíz de almacenamiento, revelando que varios estaban altamente expresados durante las etapas tempranas y de expansión rápida. Estos hallazgos sugieren que las C5-MTasas y dMTasas pueden contribuir a la regulación de la formación de raíces de almacenamiento en la batata a través de mecanismos epigenéticos, ofreciendo valiosos conocimientos para futuros estudios funcionales y esfuerzos de mejoramiento epigenético.