Identificación y análisis a nivel genómico de los genes de factores de transcripción MADS-Box en arándano ( spp.) y su patrón de expresión durante la maduración de la fruta
Autores: Wang, Xuxiang; Huang, Qiaoyu; Shen, Zhuli; Baron, Ghislain Christel; Li, Xiaoyi; Lu, Xiaoying; Li, Yongqiang; Chen, Wenrong; Xu, Lishan; Lv, Jinchao; Li, Wenjian; Zong, Yu; Guo, Weidong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación y análisis a nivel genómico de los genes de factores de transcripción MADS-Box en arándano ( spp.) y su patrón de expresión durante la maduración de la fruta
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Reguladores transcripcionales
Genes de arándano
Cromosomas
Motivos
Elementos cis-actuantes
Pares de genes colineales
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
La caja MADS es una clase de reguladores transcripcionales que son ubicuos en las plantas y desempeñan roles importantes en el proceso de crecimiento y desarrollo de las plantas. La identificación y análisis de los genes de arándano pueden sentar una base para sus investigaciones funcionales. En el presente estudio, se identificaron 249 genes putativos en el genoma del arándano. Estos genes se distribuyeron en 47 de los 48 cromosomas. Los análisis filogenéticos y evolutivos mostraron que los genes de arándano se dividieron en 131 miembros del tipo I y 118 miembros del tipo II. Los genes del tipo I contenían un promedio de 1.89 exones y los genes del tipo II contenían un promedio de 7.83 exones. El análisis de motivos identificó 15 motivos conservados, de los cuales 4 estaban relacionados con el dominio MADS y 3 estaban relacionados con el dominio K-box. Se encontraron una variedad de elementos cis-actuantes en la región promotora del gen de arándano, lo que indica que el gen respondió a varias hormonas y alteraciones ambientales. Se identificaron un total de 243 pares de genes colineales, la mayoría de los cuales tenían un valor de Ka/Ks de menos de 1. Nueve genes pertenecientes a las subfamilias , / y fueron seleccionados en función de datos transcriptómicos. Los patrones de expresión de esos nueve genes también se verificaron utilizando PCR cuantitativa, sugiriendo que , , , , , , y tenían funciones potenciales en la maduración del fruto de arándano. Los resultados de este estudio proporcionan referencias para una comprensión más profunda de la función biológica de los genes de arándano y el mecanismo de maduración del fruto de arándano.
Descripción
La caja MADS es una clase de reguladores transcripcionales que son ubicuos en las plantas y desempeñan roles importantes en el proceso de crecimiento y desarrollo de las plantas. La identificación y análisis de los genes de arándano pueden sentar una base para sus investigaciones funcionales. En el presente estudio, se identificaron 249 genes putativos en el genoma del arándano. Estos genes se distribuyeron en 47 de los 48 cromosomas. Los análisis filogenéticos y evolutivos mostraron que los genes de arándano se dividieron en 131 miembros del tipo I y 118 miembros del tipo II. Los genes del tipo I contenían un promedio de 1.89 exones y los genes del tipo II contenían un promedio de 7.83 exones. El análisis de motivos identificó 15 motivos conservados, de los cuales 4 estaban relacionados con el dominio MADS y 3 estaban relacionados con el dominio K-box. Se encontraron una variedad de elementos cis-actuantes en la región promotora del gen de arándano, lo que indica que el gen respondió a varias hormonas y alteraciones ambientales. Se identificaron un total de 243 pares de genes colineales, la mayoría de los cuales tenían un valor de Ka/Ks de menos de 1. Nueve genes pertenecientes a las subfamilias , / y fueron seleccionados en función de datos transcriptómicos. Los patrones de expresión de esos nueve genes también se verificaron utilizando PCR cuantitativa, sugiriendo que , , , , , , y tenían funciones potenciales en la maduración del fruto de arándano. Los resultados de este estudio proporcionan referencias para una comprensión más profunda de la función biológica de los genes de arándano y el mecanismo de maduración del fruto de arándano.