El ganado Leiqiong, nativo de la región más al sur de China, es valorado por su resistencia a enfermedades y su capacidad para soportar el calor. Sin embargo, dos subgrupos distintos de este ganado, uno en Hainan y el otro en Guangdong, han evolucionado de manera diferente debido a sus entornos separados. Nuestra investigación utilizó datos de secuenciación de genoma completo para investigar cómo estos ganados se han divergido genéticamente entre sí y de otras razas comerciales. Encontramos que el subgrupo de Hainan ha preservado una ascendencia más pura y presenta menos variación genética, probablemente debido a su ubicación aislada. En contraste, el subgrupo de Guangdong muestra una mayor diversidad genética y evidencia de mezcla con razas comerciales, probablemente como resultado de cruzamientos históricos. Nuestro estudio identificó genes que pueden explicar la resistencia a enfermedades del ganado y otros rasgos adaptativos. Comprender estas diferencias genéticas mejora nuestra apreciación del impacto de las prácticas de cría y el aislamiento geográfico en el ganado. Este conocimiento no solo ayuda a conservar rasgos genéticos únicos, sino que también informa estrategias de cría para garantizar la sostenibilidad y resiliencia de las razas de ganado en entornos cambiantes.