Identificación, caracterización y análisis de expresión a nivel genómico de la familia de genes YABBY en trigo (Triticum aestivum L.)
Autores: Buttar, Zeeshan Ali; Yang, Yuan; Sharif, Rahat; Nan Wu, Sheng; Xie, Yanzhou; Wang, Chengshe
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Identificación, caracterización y análisis de expresión a nivel genómico de la familia de genes YABBY en trigo (Triticum aestivum L.)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Yabby
Factor de transcripción específico de plantas
Genoma de trigo
Motivo conservado
Análisis de ontología génica
Patrones de expresión diferencial
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 23
Citaciones: Sin citaciones
El pequeño factor de transcripción específico de la planta YABBY tiene un papel destacado en la regulación del crecimiento de la planta y las actividades de desarrollo. Sin embargo, hay poca información disponible sobre la familia de genes YABBY en L. Aquí identificamos 21 genes en la base de datos del genoma de trigo. Luego, realizamos el análisis de motivos conservados y dominios de proteínas. La filogenia se dividió aún más en 6 subfamilias (YABBY1/YABBY3, YABB2, YABBY5, CRC e INO) basadas en las similitudes estructurales y las diversidades funcionales. El análisis de GO (Ontología Génica) de las proteínas mostró que están involucradas en numerosos procesos de desarrollo y muestran respuesta contra tensiones ambientales. El análisis de todos los genes identificados en los datos de RNA-seq mostró que se expresan en diferentes tejidos de trigo. Se observaron patrones de expresión diferencial no solo en las muestras de control, sino también en muestras estresadas como el estrés biótico (es decir, (F.g), (STB), Roya amarilla (Sr) y Oídio (Pm), y el estrés abiótico (es decir, sequía, calor, sequía y calor combinados y deficiencia de fósforo), especialmente en diferentes etapas de desarrollo del grano. Todos los genes identificados estaban localizados en el núcleo, lo que implica su participación en los mecanismos reguladores de varios procesos biológicos y celulares. A la luz de los resultados mencionados anteriormente, se ha deducido que los genes en el genoma de trigo desempeñan un papel importante en la mediación de varios mecanismos de desarrollo, crecimiento y resistencia, lo que podría proporcionar pistas significativas para futuros estudios funcionales.
Descripción
El pequeño factor de transcripción específico de la planta YABBY tiene un papel destacado en la regulación del crecimiento de la planta y las actividades de desarrollo. Sin embargo, hay poca información disponible sobre la familia de genes YABBY en L. Aquí identificamos 21 genes en la base de datos del genoma de trigo. Luego, realizamos el análisis de motivos conservados y dominios de proteínas. La filogenia se dividió aún más en 6 subfamilias (YABBY1/YABBY3, YABB2, YABBY5, CRC e INO) basadas en las similitudes estructurales y las diversidades funcionales. El análisis de GO (Ontología Génica) de las proteínas mostró que están involucradas en numerosos procesos de desarrollo y muestran respuesta contra tensiones ambientales. El análisis de todos los genes identificados en los datos de RNA-seq mostró que se expresan en diferentes tejidos de trigo. Se observaron patrones de expresión diferencial no solo en las muestras de control, sino también en muestras estresadas como el estrés biótico (es decir, (F.g), (STB), Roya amarilla (Sr) y Oídio (Pm), y el estrés abiótico (es decir, sequía, calor, sequía y calor combinados y deficiencia de fósforo), especialmente en diferentes etapas de desarrollo del grano. Todos los genes identificados estaban localizados en el núcleo, lo que implica su participación en los mecanismos reguladores de varios procesos biológicos y celulares. A la luz de los resultados mencionados anteriormente, se ha deducido que los genes en el genoma de trigo desempeñan un papel importante en la mediación de varios mecanismos de desarrollo, crecimiento y resistencia, lo que podría proporcionar pistas significativas para futuros estudios funcionales.