Identificación y análisis de expresión a nivel genómico de factores de transcripción MYB involucrados en la biosíntesis de lignina en pasto elefante (Pennisetum purpureum)
Autores: Wang, Qizhe; Ruan, Mengying; Li, Fuqiang; Ma, Zhe; Luo, Dong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Identificación y análisis de expresión a nivel genómico de factores de transcripción MYB involucrados en la biosíntesis de lignina en pasto elefante (Pennisetum purpureum)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Pasto elefante
Biosíntesis de lignina
Factores de transcripción MYB
TFs CpMYB
Duplicación génica
Análisis del transcriptoma
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 28
Citaciones: Sin citaciones
El pasto elefante es un cultivo forrajero importante que se ve obstaculizado por su alto contenido de lignina. Aunque los factores de transcripción MYB regulan la biosíntesis de lignina, sus roles en el pasto elefante aún no están claros. En este estudio, identificamos 247 factores de transcripción CpMYB a través de un análisis bioinformático de genoma completo del pasto elefante y los clasificamos en 23 subgrupos filogenéticos. Entre ellos, 233 se asignaron a 14 cromosomas y 14 a contigs no anclados. El análisis de la estructura génica, motivos conservados y dominios reveló una conservación específica del subgrupo y proteínas CpMYB dominadas por espirales aleatorias y alfa-hélices. Los análisis de duplicación génica y presión de selección indicaron que la duplicación segmentaria contribuyó predominantemente a la expansión de la familia. El análisis del transcriptoma identificó 48 genes diferencialmente expresados en los entrenudos en al menos una de las tres etapas de desarrollo, con promotores que contienen varios elementos cis relacionados con el crecimiento, fitohormonas y estrés. Además, nueve genes se expresaron diferencialmente de manera consistente en las tres etapas, y la interacción proteína-ADN predicha sugirió que cuatro de ellos (CpMYB094, CpMYB131, CpMYB145 y CpMYB148) potencialmente regulan genes clave de la biosíntesis de lignina, incluyendo (), (), (), y (). Sin embargo, sus funciones regulatorias requieren una validación experimental adicional. En general, este estudio caracteriza la familia CpMYB en el pasto elefante y destaca sus posibles roles en la biosíntesis de lignina.
Descripción
El pasto elefante es un cultivo forrajero importante que se ve obstaculizado por su alto contenido de lignina. Aunque los factores de transcripción MYB regulan la biosíntesis de lignina, sus roles en el pasto elefante aún no están claros. En este estudio, identificamos 247 factores de transcripción CpMYB a través de un análisis bioinformático de genoma completo del pasto elefante y los clasificamos en 23 subgrupos filogenéticos. Entre ellos, 233 se asignaron a 14 cromosomas y 14 a contigs no anclados. El análisis de la estructura génica, motivos conservados y dominios reveló una conservación específica del subgrupo y proteínas CpMYB dominadas por espirales aleatorias y alfa-hélices. Los análisis de duplicación génica y presión de selección indicaron que la duplicación segmentaria contribuyó predominantemente a la expansión de la familia. El análisis del transcriptoma identificó 48 genes diferencialmente expresados en los entrenudos en al menos una de las tres etapas de desarrollo, con promotores que contienen varios elementos cis relacionados con el crecimiento, fitohormonas y estrés. Además, nueve genes se expresaron diferencialmente de manera consistente en las tres etapas, y la interacción proteína-ADN predicha sugirió que cuatro de ellos (CpMYB094, CpMYB131, CpMYB145 y CpMYB148) potencialmente regulan genes clave de la biosíntesis de lignina, incluyendo (), (), (), y (). Sin embargo, sus funciones regulatorias requieren una validación experimental adicional. En general, este estudio caracteriza la familia CpMYB en el pasto elefante y destaca sus posibles roles en la biosíntesis de lignina.