El paeonia del árbol, una planta de aceite leñosa recientemente reconocida endémica de China, es notable por su alto contenido de ácidos grasos insaturados (UFA), especialmente ácido alfa-linolénico (ALA). Los desaturasas de ácidos grasos (FADs) son fundamentales para el desarrollo de la planta y los mecanismos de defensa. Sin embargo, hay un entendimiento limitado de (i) el mecanismo molecular subyacente a la biosíntesis de ácidos grasos en varias variedades durante la maduración de la semilla y (ii) un análisis a nivel genómico de los genes de la familia FAD dentro del paeonia del árbol. Se seleccionaron tres cultivares distintos de paeonia del árbol para el secuenciamiento del transcriptoma y se realizó un análisis extenso de genes. En total, se adquirieron y anotaron 67,542 unigenes con seis bases de datos de proteínas disponibles al público. Cuarenta y un genes diferencialmente expresados (DEGs) pertinentes a la biosíntesis de ácidos grasos y al metabolismo de lípidos fueron identificados en este estudio. Notablemente, genes como , , y fueron encontrados significativamente regulados al alza, contribuyendo a un contenido diferencial de ácido linolénico y ácido linoleico entre los tres cultivares. Aquí, 24 del genoma fueron reconocidos y categorizados en cuatro grupos distintos según sus características estructurales conservadas. Se encontró que la distribución de era aleatoria e desigual a través de cinco cromosomas, indicando una arquitectura genómica compleja. Se encontraron seis pares de genes colineales entre y , indicando un posible vínculo debido a su estrecha relación. En conjunto, estos hallazgos mejoran significativamente nuestro conocimiento de los procesos moleculares que rigen la síntesis de ácidos grasos, elucidan los roles funcionales de la familia de genes FAD y sientan las bases para utilizar la manipulación genética para aumentar los niveles de lípidos.