El róbalo manchado es un pez económico marino importante en China, ocupando el tercer lugar en producción anual entre los peces marinos. Sin embargo, una tasa de crecimiento disminuida causada por la degradación del germoplasma ha aumentado severamente los costos de producción y reducido los beneficios económicos. Existe una necesidad urgente de desarrollar variedades de rápido crecimiento y de elucidar los mecanismos genéticos subyacentes a los rasgos de crecimiento. Aquí, se utilizó la tecnología de resecuenciación de genoma completo combinada con el análisis de asociación del genoma de fenotipo extremo (XP-GWAS) para identificar marcadores y genes candidatos asociados con rasgos de crecimiento. Dos grupos de individuos, compuestos por 100 de rápido crecimiento y 100 de crecimiento lento con diferencias significativas en peso corporal, longitud corporal y peso de canal, fueron sometidos a resecuenciación de genoma completo. Se utilizaron un total de 4,528,936 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) de alta calidad para el XP-GWAS. Estos SNPs estaban distribuidos uniformemente en todos los cromosomas sin grandes brechas, y la distancia promedio entre SNPs era de solo 175.8 pb. El XP-GWAS basado en la información bayesiana y el modelo de equilibrio de ligamiento iterativamente anidado (Blink) y la unificación de probabilidad circular de modelo fijo y aleatorio (FarmCPU) identificó 50 marcadores relacionados con el crecimiento, de los cuales 17 estaban relacionados con la longitud corporal, 19 con el peso corporal y 23 con el peso de canal. La mayor varianza fenotípica explicada alcanzó el 15.82%. Además, se observaron diferencias significativas en peso corporal, longitud corporal y peso de canal entre individuos con diferentes genotipos. Por ejemplo, hubo diferencias altamente significativas en peso corporal entre individuos con diferentes genotipos para cuatro SNPs ubicados en el cromosoma 16: chr16:13133726, chr16:13209537, chr16:14468078 y chr16:18537358. Adicionalmente, se anotaron 47 genes asociados al crecimiento. Estos genes están relacionados principalmente con el metabolismo de energía, glucosa y lípidos, así como con el desarrollo de sistemas musculoesquelético y nervioso, lo que puede regular el crecimiento. Nuestro estudio identificó marcadores relacionados con el crecimiento y genes candidatos, lo que ayudará a desarrollar variedades de rápido crecimiento mediante la cría asistida por marcadores y a elucidar los mecanismos genéticos subyacentes a los rasgos de crecimiento.