El cerdo Wanbei (WBP) es uno de los recursos porcinos indígenas en China y tiene muchas características de germoplasma. Sin embargo, la investigación sobre su genoma es escasa. Para evaluar la variación genómica, la estructura poblacional y las firmas de selección, secuenciamos nuevamente 18 WBP por primera vez y realizamos un análisis exhaustivo con los datos de secuenciación de 10 jabalíes salvajes asiáticos. En total, se obtuvieron 590.03 Gb de datos y aproximadamente 41 millones de variantes. Se aplicaron enfoques basados en el nivel de polimorfismo y la diferenciación genética (índice de fijación), y se seleccionaron 539 regiones que albergaban 176 genes. El análisis funcional de los genes seleccionados reveló que estaban asociados con el metabolismo de lípidos, el grosor de la grasa dorsal, el músculo y la reproducción. En general, nuestros resultados proporcionan un recurso valioso para caracterizar la singularidad del WBP y una base para futuros programas de cría.