Los benzoxazinoides (BXs) son metabolitos de indol derivados del triptófano y desempeñan un papel en varios procesos fisiológicos, como el metabolismo de auxinas. La auxina es esencial en el proceso de embriogénesis somática (SE) en las plantas. En este estudio, utilizamos bioinformática, datos de transcriptoma, experimentos de tratamiento exógeno y análisis de qPCR para estudiar el patrón evolutivo de los genes en plantas verdes, el mecanismo regulador de los genes durante la SE temprana y el efecto de 2,4-dihidroxi-7-metoxi-1,4-benzoxazina-3-ona (DIMBOA) en la SE temprana en Lour. Los resultados mostraron que se identificaron 27 putativos en el genoma del longan; los genes evolucionaron de manera independiente en monocotiledóneas y dicotiledóneas, y la principal forma de duplicación génica fue la duplicación en tándem (TD) y los fueron fuertemente restringidos por la selección purificadora durante la evolución. Los datos del transcriptoma indicaron niveles de expresión variables durante la SE temprana del longan, y la mayoría respondieron a la luz, temperatura, estrés por sequía y tratamiento con ácido 2,4-diclorofenoxiacético (2,4-D); los resultados de qRT-PCR mostraron que y respondieron a la auxina, y el tratamiento con 0.1 mg/L de DIMBOA durante 9 días aumentó significativamente los niveles de expresión de , , , , , , y . El análisis de correlación mostró una correlación negativa significativa entre el nivel de expresión de y los contenidos endógenos de IAA; DIMBOA promovió significativamente la SE temprana y cambió significativamente el contenido endógeno de IAA, y el contenido de IAA aumentó significativamente en el noveno día y disminuyó significativamente en el decimotercer día. Por lo tanto, los resultados sugieren que DIMBOA promueve indirectamente la SE temprana al cambiar el contenido endógeno de IAA mediante la afectación del nivel de expresión de y el contenido de peróxido de hidrógeno (HO) en el longan.