Para mejorar la evaluación genómica de los rasgos relacionados con la leche en el ganado Holstein-Friesian (HF), es esencial identificar los genes candidatos asociados. Análisis novedosos basados en SNP, como el mapeo genético de enfermedades hereditarias, GWAS y selección genómica, han llevado a una nueva era de investigación. El objetivo de este estudio fue analizar la asociación de cada SNP individual en el ganado HF serbio con rasgos de producción de leche y niveles de endogamia. Se utilizó el chip SNP 60 K Axiom Bovine BovMDv3 para el genotipado de 334 vacas HF. Los resultados genómicos obtenidos, junto con los datos fenotípicos recopilados, se utilizaron para un GWAS. Además, se realizó la identificación de segmentos ROH que sirvieron para la evaluación del coeficiente de endogamia y la detección de islas ROH. Utilizando un GWAS, se detectó un polimorfismo, rs110619097 (ubicado en el intrón del gen), que se asoció significativamente (< 0.01) con la concentración de proteína de la leche en la primera lactancia (ajustada a 305 días). El valor promedio de endogamia genómica (F) fue de 0.079. Se descubrieron islas ROH en proximidad a genes asociados con rasgos de producción de leche y regiones genómicas bajo presión de selección para otros rasgos económicamente importantes del ganado lechero. Los hallazgos de este estudio piloto proporcionan información útil para una mejor comprensión de la arquitectura genética de los rasgos de producción de leche en las vacas lecheras HF serbias y pueden ser utilizados para mejorar el rendimiento de la lactancia en los programas de cría de ganado HF serbio.