La algarrobo (L. Fabaceae) es una especie de significativa importancia económica, ecológica y cultural en la región mediterránea. Se valora por su adaptabilidad a diversos entornos y sus amplias aplicaciones agrícolas e industriales. A pesar de su potencial, la caracterización genética de esta especie en territorios argelinos ha recibido poca atención hasta la fecha. El presente estudio tiene como objetivo descifrar la estructura genética y la diversidad del algarrobo en Argelia. Este estudio presenta una caracterización morfológica integral de 39 accesiones de algarrobo argelino basada en características de las vainas y genotipificación molecular utilizando ocho marcadores SSR nucleares y tres marcadores SSR de cloroplasto en diferentes ubicaciones geográficas y condiciones ambientales. El análisis morfológico reveló una diferenciación discreta entre las accesiones, influenciada principalmente por su área de origen. El análisis genético identificó 38 genotipos únicos. La riqueza alélica indicó un alto polimorfismo, con un promedio de 3.81 alelos y 5.36 genotipos para los marcadores SSR nucleares. Los marcadores SSR de cloroplasto mostraron menor variabilidad pero proporcionaron información sobre la estructura poblacional. El análisis genético reveló grupos genéticos distintos alineados con regiones geográficas y bioclimáticas, respaldados por un análisis de red de mínimo recorrido que mostró los patrones de flujo genético entre las accesiones. El análisis discriminante de componentes principales identificó cinco grupos óptimos de subpoblación, destacando una estructura genética vinculada a diferentes condiciones bioclimáticas. Estos hallazgos evidencian la compleja diversidad genética del germoplasma de algarrobo argelino y ofrecen valiosas perspectivas para la explotación sostenible de los recursos genéticos del algarrobo.