L., nativa de América del Sur y comúnmente utilizada con fines medicinales, ha sido poco estudiada a niveles moleculares y genómicos y en su relación con microorganismos del suelo. En este estudio, se implementaron técnicas de marcadores de ADN asociados a sitios de restricción (RADseq) para analizar la diversidad genética y la estructura poblacional, y metabarcoding para examinar la composición microbiana en suelos de Palmira, Sibundoy y Bogotá, Colombia. Se identificaron un total de 2,984,123 loci y 3485 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), revelando una variación genética del 12% entre poblaciones y del 88% dentro de los individuos, distribuyendo la población en tres grupos genéticos principales, F = 0.115 (< 0.001) y F = 0.013 (> 0.05). En el análisis del suelo, se encontraron correlaciones significativas entre la capacidad de intercambio catiónico efectiva (ECEC) y la densidad aparente, la textura del suelo y los niveles de Mg y Fe, así como correlaciones negativas entre ECEC y Mg, y Mg, Fe y Ca. Proteobacteria y Ascomycota emergieron como los filos bacterianos y fúngicos predominantes, respectivamente. Los análisis de diversidad alfa, beta y multifactorial destacan la influencia de factores ecológicos y ambientales en estas comunidades microbianas, revelando patrones específicos de agrupamiento y asociación entre bacterias y hongos en los lugares estudiados.