El lagarto agamido está restringido al noroeste de China (cuenca de Dzungar) y al adyacente este de Kazajistán (cuencas de Zaisan y Alakol). Para elucidar la filogeografía de , obtuvimos los segmentos de ADN mitocondrial de 175 lagartos muestreados de 44 localidades a lo largo de toda la distribución. Los análisis filogenéticos revelaron dos clados principales que comprenden cinco linajes estructurados geográficamente (I, IIa, IIb1, IIb2 y IIb3) que se ajustan a un modelo de aislamiento por distancia (IBD). La divergencia del ancestro común más reciente se dató en aproximadamente 1.87 millones de años (Ma). Los análisis demográficos demostraron una respuesta específica de linaje al cambio climático pasado: población estable para el Clado I, Subclado IIb1; expansión poblacional pasada para IIb3 desde 0.18 Ma, respectivamente. Los análisis de difusión filogeográfica bayesiana detectaron una propagación inicial en las cercanías del monte Saur, aproximadamente hace 1.8 Ma. El modelo de distribución histórica de especies (SDM) proyectó una expansión del hábitat adecuado en el último interglacial y un cambio y contracción en el máximo glacial y los períodos del Holoceno. El SDM predijo una drástica reducción en el área adecuada a lo largo del rango como respuesta al cambio climático futuro. Nuestros hallazgos sugieren que la evolución de siguió una divergencia parapatrica con posterior dispersión y adaptación a ambientes fríos y secos durante el Cuaternario. En general, este trabajo mejora nuestra comprensión de la diversificación de linajes y la dinámica poblacional de , proporcionando más información sobre los procesos evolutivos que ocurrieron en el noroeste de China y el este de Kazajistán.