Este estudio investigó la diversidad genética y la estructura poblacional de una colección de caquis (Thunb., 2n = 6x = 90) en Corea del Sur, evaluando 9751 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) a nivel genómico detectados mediante genotipificación por secuenciación en 93 cultivares. Los resultados del agrupamiento por vecino más cercano, el análisis de componentes principales y el análisis de STRUCTURE basado en SNPs indicaron una clara separación entre los grupos de cultivares (no astringente constante por polinización (PCNA, 40 cultivares), astringente constante por polinización (PCA, 19), no astringente variante por polinización (PVNA, 23) y el tipo astringente variante por polinización (PVA, 9)) según los tipos de astringencia, mientras que la separación entre los cultivares de tipo PVA y PVNA no fue clara. La diversidad genética poblacional basada en SNPs mostró que las proporciones de SNPs polimórficos dentro de cada grupo variaron del 99.01% (PVNA) al 94.08% (PVA), y el grupo PVNA exhibió la mayor diversidad genética (He = 3.86 y uHe = 0.397). Los valores del índice de fijación fueron bajos, variando de -0.024 (PVA) a 0.176 (PCA) con un promedio de 0.089, lo que indica una deficiencia de heterocigosidad. El análisis de varianza molecular (AMOVA) y st entre los grupos de cultivares indicaron que la variación dentro de los individuos fue mayor que la entre los grupos. Los valores de st entre los grupos variaron de 0.01566 (entre PVA y PVNA) a 0.09416 (entre PCA y PCNA), indicando un bajo nivel de diferenciación entre tipos de cultivares. Estos hallazgos destacan la posible aplicación de SNPs bialélicos en estudios de genética poblacional de especies alopoliploides y proporcionan valiosos conocimientos que pueden tener importantes implicaciones para la mejora y la identificación de cultivares en el caqui.