La capacidad fotosintética de la hoja bandera juega un papel clave en el rendimiento de grano en el arroz. Sin embargo, hay pocos estudios sobre la heterosis de la hoja bandera del arroz. Por lo tanto, este estudio se centra en investigar la base genética de la heterosis para la hoja bandera en la combinación de arroz híbrido super WFYT025 en China utilizando una estrategia de secuenciación de ARN de próxima generación de alto rendimiento. Analizamos la expresión génica de la hoja bandera en diferentes entornos y diferentes períodos de tiempo entre WFYT025 y su progenitora femenina. Después de obtener el perfil de expresión génica de la hoja bandera, investigamos más a fondo la red reguladora de genes. Se utilizó el análisis de red de expresión génica ponderada (WGCNA) para identificar los conjuntos de genes coexpresados, y un total de 5000 genes altamente expresados se dividieron en 24 grupos de coexpresión. En CHT025, encontramos 13 factores de transcripción de la familia WRKY en SDGs bajo el entorno de arroz temprano y 16 genes de la familia WRKY en SDGs bajo el entorno de arroz medio. Encontramos nueve factores de transcripción idénticos en las dos etapas. Excepto por cinco TFs reportados, los otros cuatro TFs podrían desempeñar un papel importante en la heterosis para el número de granos y la fotosíntesis. Se encontraron factores de transcripción como , y en ambos entornos. Para eliminar la influencia del entorno, examinamos la vía metabólica con el mismo SDG (SSDG) en dos entornos. En total, había 312 SSDGs. Estos SSDGs se centraron principalmente en el proceso metálico del fósforo, la fosforilación, la membrana plasmática, etc. Estos resultados proporcionan recursos para estudiar la heterosis durante el desarrollo de la hoja bandera del arroz híbrido super.