La Negra Andaluza es una raza de ganado tradicional andaluz con profundas raíces culturales e históricas en el sur de España. Aunque en su momento fue esencial para el trabajo agrícola y el transporte de madera, hoy enfrenta erosión genética debido a la disminución del tamaño de la población y los cambios en el uso de la tierra. Nuestros hallazgos muestran que las regiones con conectividad limitada exhiben signos de aislamiento genético, mientras que las áreas históricamente vinculadas por rutas de transhumancia mantienen una mayor diversidad. Estos patrones destacan la urgente necesidad de estrategias de conservación específicas que prioricen la protección de núcleos genéticamente ricos, como los de Córdoba, y refuercen el flujo genético a través de programas de cría controlada. Revitalizar prácticas ganaderas tradicionales como la transhumancia no solo es culturalmente valioso, sino también esencial para mantener la variabilidad genética, la adaptabilidad y la supervivencia a largo plazo de la raza.