La producción de arroz aeróbico es un sistema relativamente nuevo en el que el arroz se siembra directamente y se cultiva en condiciones no inundadas pero bien regadas para mejorar la productividad del agua. Es probable que los rasgos relacionados con el vigor temprano sean importantes en condiciones aeróbicas. Este estudio tuvo como objetivo identificar loci de rasgos cuantitativos (QTL) y genes candidatos asociados con rasgos relacionados con el vigor temprano en condiciones aeróbicas utilizando un conjunto de diversidad de arroz. Los experimentos de campo y los experimentos en invernadero realizados en condiciones aeróbicas revelaron una variación genotípica significativa en los rasgos relacionados con el vigor temprano. El análisis de asociación a nivel genómico identificó 32 QTL asociados con rasgos relacionados con el vigor temprano. Notablemente, dos QTL, asociados tanto con la puntuación de vigor temprano como con la longitud del mesocotilo, explicaron hasta el 22.1% de la varianza fenotípica. En total, se identificaron 23 genes candidatos relacionados con el desarrollo del crecimiento de las plantas y la respuesta al estrés abiótico en las dos regiones. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre la base genética del vigor temprano en condiciones aeróbicas. La validación de los QTL y genes candidatos identificados en diferentes antecedentes genéticos es crucial para futuros estudios. Además, probar el efecto de los QTL en el rendimiento en diferentes entornos sería valioso. Después de la validación, estos QTL y genes pueden considerarse para desarrollar marcadores en la selección asistida por marcadores para la producción de arroz aeróbico.