El arroz es un alimento básico para más de la mitad de la población mundial. Las variedades modernas de arroz se han desarrollado para obtener altos rendimientos y calidad; sin embargo, ha habido una pérdida sustancial de diversidad. Un mayor número de landraces genéticamente dinámicas podrían ofrecer recursos genéticos valiosos y útiles para la mejora del arroz. En este estudio, se investigó la diversidad genética y la estructura de la población de 365 accesiones de landraces de tierras bajas y de tierras altas de cuatro poblaciones de diferentes regiones geográficas de Tailandia utilizando 75 marcadores SNP. Los análisis de agrupamiento utilizando máxima verosimilitud, Análisis de Coordenadas Principales (PCoA) y Análisis Discriminante de Componentes Principales (DAPC) agruparon estas landraces en dos grupos principales, correspondientes a grupos. El grupo se agrupó además en dos subgrupos según los análisis de DAPC y STRUCTURE (K = 3). Los resultados del análisis de varianza molecular (AMOVA) revelaron que el 91% de la variación se distribuyó entre individuos, lo que sugiere un alto grado de diferenciación genética entre las accesiones de arroz dentro de las poblaciones. Los análisis de diferenciación genética mostraron la mayor diferenciación genética entre las poblaciones del noreste y sur y la menor diferenciación genética entre las poblaciones del norte y noreste. El análisis de aislamiento por distancia basado en una prueba de Mantel indicó una relación significativa entre la distancia genética y la distancia geográfica entre las landraces de arroz tailandesas. Los resultados de este estudio ofrecen información sobre la diversidad genética del germoplasma de arroz tailandés, lo que mejorará la caracterización, conservación y utilización del germoplasma en genética y mejoramiento del arroz.