La soja es una planta leguminosa cultivada en muchos países y se considera importante en la industria alimentaria debido a los altos niveles de aceite y contenido proteico en los granos. La alta demanda de soja y sus productos en la industria requiere la expansión de las áreas de cultivo. A pesar de las restricciones climáticas, Siberia Occidental está ampliando gradualmente su área de cultivo de soja. En este estudio, presentamos el primer análisis de la estructura poblacional y la diversidad genética de las 175 líneas de mejoramiento y variedades de soja cultivadas en Siberia Occidental (103 accesiones) y otras regiones de Rusia (72 accesiones), y las comparamos con las variedades de soja cultivadas en otras ubicaciones geográficas. El análisis de componentes principales reveló varios grupos genéticos con diferentes niveles de heterogeneidad genética. Las accesiones estudiadas son genéticamente similares a las variedades de China, Japón y EE. UU. y son genéticamente distantes de las variedades de Corea del Sur. El análisis de mezcla reveló cuatro grupos de ascendencia basados en la ascendencia genética y el origen geográfico, que son consistentes con las regiones de cultivo y origen de las accesiones y corresponden al resultado del análisis de componentes principales. Las estadísticas poblacionales, incluida la diversidad de nucleótidos, D de Tajima y desequilibrio de ligamiento, son comparativamente similares a las observadas para las accesiones estudiadas de diferente origen. Este estudio proporciona información poblacional y genética esencial sobre la colección única de líneas de mejoramiento y variedades cultivadas en Siberia Occidental y otras regiones rusas para fomentar futuros estudios evolutivos, asociaciones a nivel genómico y estudios de mejoramiento funcional.