El trigo sarraceno es un pseudocereal altamente nutritivo con potencial antioxidante. El objetivo de este estudio fue analizar la variabilidad genética de 21 variedades de trigo sarraceno común (Moench.) y 14 variedades de trigo sarraceno tartario (Gaertn.) utilizando marcadores de microsatélites. Al analizar 21 marcadores SSR, se amplificaron un promedio de 11.6 alelos por locus y se determinó un valor promedio de PIC de 0.711. Determinamos el estado heterocigoto de los individuos y la variabilidad en el conjunto utilizando el análisis de SSR sobre la base de la heterocigosidad esperada (He, 0.477), heterocigosidad observada (Ho, 0.675), índice de Shannon (I, 0.820) e índices de fijación (FST, FIS, FIT). Basado en los análisis de SSR, se observó un nivel más bajo de heterocigosidad esperada en el conjunto analizado de genotipos de trigo sarraceno tartario en comparación con el trigo sarraceno común. Con la ayuda de un análisis de clúster jerárquico utilizando el algoritmo UPGMA, análisis de Estructura y análisis de PCoA para los marcadores SSR, dividimos las variedades de trigo sarraceno en el dendrograma en dos clústeres principales según la especie. El análisis AMOVA mostró que la variabilidad genética entre los individuos prevalece en el conjunto analizado. La técnica SSR demostró ser una herramienta adecuada para la determinación de la variabilidad genética intra e intervarietal y para el análisis de la diversidad.