Descubrir las características genéticas de rasgos importantes en cultivares de trigo es esencial para la crianza dirigida de trigo. Aquí, se seleccionó y utilizó un panel de chips de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) líquido de 100K, integrando marcadores de función conocida, para analizar las características genéticas de 115 cultivares de trigo de primavera de una región de gran altitud de China. Se identificaron un total de 102 marcadores funcionales reportados estrechamente relacionados con rasgos importantes, incluidos 54 relacionados con rendimiento y calidad del grano y 33 asociados con resistencia a enfermedades y tolerancia al estrés. Del total de cultivares, el 58.2% de ellos contenían genes marcadores excelentes en el rango de 20 a 29. El análisis de la estructura genética reveló que los cultivares se agruparon en cinco subgrupos. Los estudios de asociación a nivel genómico identificaron 218 loci significativos en 20 cromosomas, con la excepción del cromosoma 3D, asociado con nueve rasgos y que explicaba el 14.15-29% de la varianza fenotípica, con 199 genes candidatos potenciales anotados para los nueve rasgos estudiados. Destacadamente, 21 genes candidatos previamente no identificados, con SNPs asociados, estaban estrechamente relacionados con siete rasgos, explicando el 14.26-19.86% de la varianza fenotípica. El estudio actual reveló las características genéticas de los cultivares de trigo de primavera de una región de gran altitud de China. Esto proporcionará una referencia para la crianza de trigo de primavera en regiones de gran altitud y promoverá la cartografía fina de nuevos loci genéticos que controlan rasgos importantes.