El virus del moteado leve del caupí (CpMMV) es un importante patógeno viral que influye seriamente en el rendimiento y la calidad de la semilla de soja a nivel mundial. La cría de resistencia es una de las estrategias más efectivas, económicas y seguras desde el punto de vista ambiental para controlar la enfermedad causada por CpMMV. Sin embargo, solo se han identificado unos pocos genes de resistencia en la soja. En este estudio, se evaluó la resistencia de 169 germoplasmas de soja del noreste de China a una cepa de CpMMV aislada de la soja en China, y luego se realizó un estudio de asociación de genoma completo (GWAS) para encontrar posibles genes de resistencia en estos germoplasmas de soja. Se identificaron nueve germoplasmas de soja resistentes y se encontraron dos sitios de polimorfismo de nucleótido único (SNP) que estaban estrechamente asociados con la resistencia a CpMMV. Se identificó un total de 51 y 25 genes candidatos vecinos a los SNPs asociados a la resistencia en los cromosomas 6 y 12, respectivamente, entre los cuales un receptor-cinasa similar a un receptor (RLK) en el cromosoma 6 y 2 receptores de repeticiones ricas en leucina con nucleótidos de unión a nucleótidos de receptor de tipo toll-interleucina-1 (TNLs) en el cromosoma 12 fueron reconocidos como los genes de resistencia más probables, respectivamente. En conjunto, estos datos proporcionan nuevas perspectivas sobre los recursos de resistencia de la soja a CpMMV, lo cual beneficiará la cría de cultivares de soja resistentes a CpMMV.