Debido a la creciente demanda de productos de soja vegetal, hay una necesidad creciente de variedades de soja de alto rendimiento. Sin embargo, los patrones de correlación complejos entre los rasgos cuantitativos y la arquitectura genética representan un desafío para mejorar la soja vegetal a través de la cría. En este estudio, se aplicó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) a 6 rasgos relacionados con el rendimiento en 188 accesiones de soja vegetal. Utilizando un modelo BLINK, se identificaron un total de 116 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para la altura de la planta, la longitud de la vaina, el número de vainas, el grosor de la vaina, el ancho de la vaina y el peso de la vaina fresca. Además, se encontraron un total de 220 genes en las regiones de 200 kb aguas arriba y aguas abajo de los SNP significativos, incluidos 11 genes que codifican proteínas funcionales. Entre ellos, se analizaron cuatro genes candidatos por sus variaciones haplotípicas significativas y por estar en bloques de LD, que codifican un factor de transcripción relacionado con MYB, una proteína responsable de la auxina, una proteína F-box y CYP450, respectivamente. La expresión relativa de los genes candidatos en la soja vegetal V030 y V071 (para la altura de la planta, el número de vainas y el peso de la vaina fresca de V030 fue menor que el de las cepas V071) fue significativamente diferente, y estos genes podrían estar involucrados en el crecimiento y desarrollo de la planta a través de diversas vías. En total, identificamos cuatro genes candidatos para el rendimiento de vainas y la altura de la planta a partir del germoplasma de soja vegetal. Este estudio proporciona información sobre la base genómica para mejorar la soja y recursos genómicos cruciales que pueden facilitar la cría de soja vegetal de alto rendimiento asistida por genoma.