Únicos y biodiversos, los ecosistemas de manglares proporcionan beneficios a los humanos y contribuyen a la protección costera. , un miembro de la familia Rhizophoraceae, es prevalente en los bosques de manglares de Tailandia. La estructura poblacional y la diversidad genética de han recibido escasa atención. Aquí, secuenciamos el genoma completo de utilizando la tecnología 10x Genomics y obtuvimos un tamaño de ensamblaje de 219 Mb con una longitud N50 de 542,540 bases. Utilizando 2857 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), este estudio investigó la diversidad genética y la estructura poblacional de 80 accesiones obtenidas de los bosques de manglares en Tailandia. La diversidad genética de fue moderada (I = 0.573, Ho = 0.619, He = 0.391). Se observaron y confirmaron dos subpoblaciones tanto desde la estructura poblacional como desde el análisis de componentes principales (PCA). El análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró que había más variación dentro de las poblaciones que entre ellas. La diferenciación genética media por pares ( = 0.09) mostró que no había mucha diferencia genética entre las poblaciones. Curiosamente, el patrón de agrupamiento predominante en la población no correspondía al Golfo de Tailandia y al Mar de Andamán, que están separados por la Península de Malaca. Varios factores podrían haber influido en el patrón genético, como la hibridación y factores antropogénicos. Esta investigación proporcionará información importante para la futura conservación y gestión de en Tailandia.