La cría por mutación es útil para mejorar las características agronómicas de varios cultivos. En este estudio, realizamos un análisis de diversidad genética y asociación de mutantes de soja para evaluar líneas mutantes élite. Con base en rasgos fenotípicos, elegimos 208 mutantes de soja como un grupo de diversidad de mutantes (MDP). Luego investigamos la diversidad genética y las interrelaciones de estas líneas MDP utilizando marcadores de polimorfismo de amplificación de región objetivo (TRAP). Entre las diferentes combinaciones de cebadores TRAP, los niveles de polimorfismo y los valores de contenido de información de polimorfismo (PIC) promediaron 59.71% y 0.15, respectivamente. Los análisis de dendrograma y estructura de población dividieron las líneas MDP en cuatro grupos principales. Según un análisis de varianza molecular (AMOVA), el porcentaje de variación entre poblaciones entre mutantes fue de 11.320 (20.6%), mientras que la variación intra-poblacional de mutantes osciló entre 0.231 (0.4%) y 14.324 (26.1%). En general, la similitud genética intra-poblacional fue mayor que la de inter-poblaciones. En un análisis de la asociación entre marcadores TRAP y rasgos agronómicos utilizando tres enfoques estadísticos diferentes basados en el análisis de factor único (SFA), el modelo lineal general Q (GLM) y el modelo lineal mixto (Q+K MLM), detectamos seis asociaciones significativas entre marcadores y rasgos que involucran cinco rasgos fenotípicos. Nuestros resultados sugieren que el MDP tiene un gran potencial para los recursos genéticos de la soja y que los marcadores TRAP son útiles para la selección de mutantes de soja para la cría por mutación de soja.