Se distinguieron ecotipos de delfín mular costero y oceánico a través de la genética, distribución, dieta, morfología, diversidad y comportamientos sociales. Aunque es una especie ampliamente estudiada, pocos estudios se han centrado en las poblaciones oceánicas. La biodiversidad oceánica se descuida con frecuencia debido a la dificultad de recolección de datos, y por lo tanto, es un desafío evaluar cuán amenazadas están estas poblaciones. Una pequeña población oceánica de delfines que reside alrededor del Archipiélago de San Pedro y San Pablo (SPSPA) en medio del Océano Atlántico ha sido monitoreada durante varios años, y recientemente se ha notado una disminución en el número de avistamientos de delfines. Analizamos un conjunto de datos completo de secuencias de la región de control del mtDNA para esta especie con el fin de inferir el estado de conservación y comprender mejor las relaciones entre la población del SPSPA y otras poblaciones oceánicas. Evaluamos la diversidad genética y la estructura poblacional del delfín mular de poblaciones costeras y oceánicas del Océano Atlántico. Las poblaciones oceánicas son más genéticamente diversas y tienen menos variación entre poblaciones que las poblaciones costeras. Las poblaciones oceánicas comparten haplotipos, lo que indica un posible flujo génico. Sin embargo, la población del SPSPA presentó los niveles más bajos de diversidad genética entre poblaciones. El estado de conservación de la población del SPSPA es preocupante, y es necesario aplicar estrategias de gestión efectivas para garantizar su protección.