Los recursos genéticos del ganado local son cruciales para la agricultura sostenible y la conservación de la biodiversidad. El ganado Dengchuan, una raza lechera protegida a nivel nacional en China, es apreciado por su alto contenido de grasa en la leche y su importancia cultural. Sin embargo, se ha visto amenazado por el cruce con razas exóticas de alto rendimiento, lo que ha resultado en una disminución de los recursos de raza pura. En este estudio, evaluamos la diversidad genética y la estructura de una población conservada utilizando datos de microarreglos SNP de 100K de 74 individuos. Después de implementar estrictas medidas de control de calidad, se retuvieron 78,460 loci para el análisis de componentes principales (PCA), que identificó 100 SNPs más asociados con PC1. Tras calcular loci de alta consistencia utilizando PLINK, basados en la consistencia alélica, seleccionamos 61 marcadores de alta estabilidad para representar a 60 individuos para un análisis posterior. Los parámetros de diversidad genética indicaron un polimorfismo moderado, con un tamaño efectivo de población (Ne) de 2.293, heterocigosidad observada (Ho) de 0.300, heterocigosidad esperada (He) de 0.326 y un contenido de información polimórfica promedio (PIC) de 0.261. Una prueba t emparejada confirmó una diferencia altamente significativa entre Ho y He (< 0.001). Los tramos de homocigosis (ROH) revelaron un nivel moderado de endogamia (F = 0.0928), con los toros exhibiendo valores ligeramente más altos que las hembras. El agrupamiento por vecino uniendo (NJ) indicó además claras distinciones de linaje entre los toros, pero un menor parentesco entre las hembras. En general, el ganado Dengchuan exhibe una diversidad genética moderada, pero enfrenta riesgos debido a un pequeño Ne y una estructura familiar desequilibrada. Se recomiendan estrategias de cría dirigidas y monitoreo genético para asegurar una conservación y utilización sostenible.