Análisis genético de los días abiertos en Holstein marroquí utilizando diferentes modelos para tener en cuenta los datos censurados
Autores: Chafai, Narjice; Badaoui, Bouabid
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Análisis genético de los días abiertos en Holstein marroquí utilizando diferentes modelos para tener en cuenta los datos censurados
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Eficiencia reproductiva
Evaluación genética
Datos censurados
Rebaños lecheros
Valores de cría
Parámetros genéticos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 6
Citaciones: Sin citaciones
La eficiencia reproductiva es un elemento clave de la rentabilidad en los rebaños lecheros. Sin embargo, la evaluación genética de los rasgos de fertilidad a menudo se ve desafiada por la presencia de altas tasas de censura debido a diversas razones. Un enfoque sencillo para abordar este desafío es eliminar los datos censurados del conjunto de datos. Sin embargo, eliminar datos podría sesgar la evaluación genética. Por lo tanto, abordar este problema es crucial, particularmente para poblaciones pequeñas y poblaciones de tamaño limitado. Este estudio utiliza un conjunto de datos de Holstein marroquí para comparar dos modelos lineales gaussianos y un modelo lineal de umbral para manejar los registros censurados de días abiertos (DO). Los datos contenían 8646 registros de días abiertos a lo largo de las tres primeras partos de 6337 vacas Holstein. El archivo de pedigrí comprendía 11,555 animales y el 14.51% del conjunto de datos estaba censurado. Los parámetros genéticos y los valores de cría de DO se calcularon utilizando tres métodos diferentes: un modelo lineal donde se omitieron todos los registros censurados (LM), un método de penalización en el que se añadió una constante igual a un ciclo de celo en el ganado al valor máximo de DO en cada grupo contemporáneo para imputar los registros censurados (PLM), y un modelo de umbral bivariado con penalización (PTM). Las estimaciones de heredabilidad fueron iguales a 0.021 +/- 0.01 (PLM), 0.029 +/- 0.01 (LM) y 0.033 +/- 0.01 (PTM). El método de penalización y el modelo lineal de umbral con penalización mostraron una mejor precisión de predicción calculada utilizando el método LR (0.21 y 0.20, respectivamente). PLM y PTM tuvieron una alta correlación de Spearman (0.99) entre los valores de cría estimados del conjunto de datos de validación, lo que explica el alto porcentaje de animales comunes en el 20% superior de los animales seleccionados. La falta de cambios en el ranking de los animales entre PLM y PTM sugiere que ambos métodos pueden ser utilizados para abordar los datos censurados en esta población.
Descripción
La eficiencia reproductiva es un elemento clave de la rentabilidad en los rebaños lecheros. Sin embargo, la evaluación genética de los rasgos de fertilidad a menudo se ve desafiada por la presencia de altas tasas de censura debido a diversas razones. Un enfoque sencillo para abordar este desafío es eliminar los datos censurados del conjunto de datos. Sin embargo, eliminar datos podría sesgar la evaluación genética. Por lo tanto, abordar este problema es crucial, particularmente para poblaciones pequeñas y poblaciones de tamaño limitado. Este estudio utiliza un conjunto de datos de Holstein marroquí para comparar dos modelos lineales gaussianos y un modelo lineal de umbral para manejar los registros censurados de días abiertos (DO). Los datos contenían 8646 registros de días abiertos a lo largo de las tres primeras partos de 6337 vacas Holstein. El archivo de pedigrí comprendía 11,555 animales y el 14.51% del conjunto de datos estaba censurado. Los parámetros genéticos y los valores de cría de DO se calcularon utilizando tres métodos diferentes: un modelo lineal donde se omitieron todos los registros censurados (LM), un método de penalización en el que se añadió una constante igual a un ciclo de celo en el ganado al valor máximo de DO en cada grupo contemporáneo para imputar los registros censurados (PLM), y un modelo de umbral bivariado con penalización (PTM). Las estimaciones de heredabilidad fueron iguales a 0.021 +/- 0.01 (PLM), 0.029 +/- 0.01 (LM) y 0.033 +/- 0.01 (PTM). El método de penalización y el modelo lineal de umbral con penalización mostraron una mejor precisión de predicción calculada utilizando el método LR (0.21 y 0.20, respectivamente). PLM y PTM tuvieron una alta correlación de Spearman (0.99) entre los valores de cría estimados del conjunto de datos de validación, lo que explica el alto porcentaje de animales comunes en el 20% superior de los animales seleccionados. La falta de cambios en el ranking de los animales entre PLM y PTM sugiere que ambos métodos pueden ser utilizados para abordar los datos censurados en esta población.