La papa autotetraploide (L.) es un cultivo importante en China y se cultiva ampliamente desde el noreste de China hasta el sur de China. Miles de variedades son criadas por instituciones o empresas de cría, y distinguir las diferentes variedades basándose en características morfológicas es difícil. Utilizar huellas dactilares de ADN es un método eficiente para identificar variedades que desempeña un papel cada vez más importante en la identificación de germoplasma y la protección de derechos de propiedad. En este estudio, se evaluó la diversidad genética y la estructura poblacional de 135 papas autotetraploides utilizando métodos de secuenciación de fragmentos amplificados en loci específicos (SLAF-seq). Se obtuvieron un total de 3,397,137 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de alta calidad, que se distribuyeron en 12 cromosomas. El análisis de componentes principales (PCA), los árboles genéticos de vecino-uniendo y el análisis de estructura basado en modelos mostraron que estas subpoblaciones de papa autotetraploide, clasificadas por sus SNP, no eran consistentes con sus orígenes geográficos. Con base en los 3,397,137 SNP obtenidos, se seleccionaron 160 SNP perfectos, y 71 SNP se convirtieron con éxito en marcadores de amplificación de penta-primer de mutación refractaria (PARMS-SNP). Además, se analizaron 190 variedades de papa autotetraploide utilizando estos 71 marcadores PARMS-SNP. Los resultados del PCA muestran que los accesos no se clasificaron completamente en función de sus orígenes geográficos. También se construyeron las huellas dactilares de ADN SNP de las 190 variedades de papa autotetraploide. Los resultados de las huellas dactilares SNP muestran que tanto sinónimos como homónimos estaban presentes entre las 190 papas autotetraploides. Sobre todo, estos nuevos marcadores SNP pueden sentar una buena base para el análisis de la diversidad genética de la papa, las pruebas DUS (distinción, uniformidad y estabilidad) y la protección de variedades vegetales.