La diversificación de las razas de cerdos indígenas en China ha resultado de múltiples influencias climáticas, topográficas y culturales humanas. Las numerosas razas de cerdos indígenas se pueden dividir geográficamente en seis meta-poblaciones; sin embargo, sus relaciones genéticas, contribuciones a la diversidad genética y firmas genéticas siguen siendo poco claras. Se obtuvieron y analizaron datos de SNP de todo el genoma para 613 cerdos indígenas de las seis meta-poblaciones chinas. Los análisis genéticos de poblaciones confirmaron una diferenciación genética significativa y una mezcla moderada entre las meta-poblaciones de cerdos indígenas chinos. La meta-población del Norte de China (NC) tuvo la mayor contribución a la diversidad genética y alélica. La evidencia de firmas de barrido selectivo reveló que los genes relacionados con la deposición de grasa y la respuesta al estrés por calor estaban potencialmente involucrados en adaptaciones al frío y al calor. Estos hallazgos de los análisis genéticos de poblaciones proporcionan una mejor comprensión de las características de los cerdos indígenas en diferentes entornos y una base teórica para futuros trabajos sobre la conservación y cría de cerdos indígenas chinos.