El cerdo Fengjing es uno de los recursos de razas de cerdos locales en China y tiene muchas características de germoplasma excelentes. Sin embargo, la investigación sobre su genoma es escasa. Para explorar el grado de diversidad genética del cerdo Fengjing y profundizar en sus rasgos excelentes, este estudio tomó a los cerdos Fengjing como objeto de investigación y utilizó el Beadchip Array Infinium iSelect-96|XT KPS_PorcineBreedingChipV2 para la genotipificación. Analizamos la diversidad genética, la relación, el coeficiente de endogamia y la estructura poblacional dentro de la población de cerdos Fengjing. Nuestros hallazgos revelaron que la proporción de marcadores polimórficos (P) fue de 0.469, y el tamaño efectivo de la población fue de 6.8. La heterocigosidad observada y esperada fueron de 0.301 y 0.287, respectivamente. Los resultados de la matriz indicaron una relación moderada dentro de la población, con ciertos individuos que exhibían relaciones genéticas más cercanas. El árbol evolutivo NJ clasificó a los verracos Fengjing en cinco líneas familiares. El coeficiente de endogamia promedio basado en ROH fue de 0.318, lo que indica un alto nivel de endogamia. GWAS identificó veinte SNPs significativamente asociados con rasgos de crecimiento (WW, 2W y 4W) y rasgos reproductivos (TNB y AWB). Notablemente, WNT8B, RAD21 y HAO1 surgieron como genes candidatos que influyen en 2W, 4W y TNB, respectivamente. Genes como WNT8B fueron verificados consultando la base de datos PigBiobank. En conclusión, este estudio proporciona una referencia fundamental para la conservación y utilización de los recursos de germoplasma del cerdo Fengjing y ofrece perspectivas para futuros esfuerzos de cría molecular en cerdos Fengjing.