El objetivo de desarrollo de la soja en Corea ha cambiado con el tiempo, pero el patrón de diversidad genética en las variedades modernas aún no ha sido bien caracterizado. En este estudio, se muestra que 20 marcadores de repetición de secuencia simple (SSR) generan un total de 344 alelos, donde el número de alelos varía de 7 a 29, con un promedio de 17.2 por locus, y los valores de contenido informativo de polimorfismo (PIC) van de 0.6799 a 0.9318, con un promedio de 0.8675. Cinco grupos diferentes son clasificados utilizando el método de agrupación de pares no ponderados de media aritmética (UPGMA). La distancia genética entre los grupos I y V (0.3382) es la más lejana, y la de los grupos III y IV (0.0819) es la más cercana. La distancia genética entre todas las combinaciones de grupos, de acuerdo al período de tiempo de su liberación, es más baja (0.1909) entre las variedades desarrolladas en la década de 1990 y las de 2000 en adelante, y más alta (0.5731) entre las variedades desarrolladas en la década de 1980 y las de 2000 en adelante. El análisis de estructura basado en modelos reveló la presencia de tres subpoblaciones y 17 mezclas en las variedades de soja coreanas. Todas las 172 variedades de soja coreanas fueron probadas para discriminación utilizando seis marcadores SSR. Los números de variedades agrupadas en cada paso son los siguientes: 7 (4.1%) en el paso 1 (Sat_076), 73 (42.4%) en el paso 2 (Sat_417), 69 (40.1%) en el paso 3 (Sat_043), 13 (7.6%) en el paso 4 (Satt197), 8 (4.6%) en el paso 5 (Satt434) y 2 (1.2%) en el paso 6 (Satt179). Estos resultados, basados en el análisis de recursos genéticos, pueden contribuir a la creación de una colección central para la conservación y cría de la soja, así como al desarrollo de futuras variedades con rasgos útiles.