Los varamientos de cetáceos son una fuente valiosa de información para varios estudios, desde la riqueza de especies hasta la conservación y gestión. Durante el examen de los varamientos, la identificación taxonómica y de sexo puede verse obstaculizada por varias razones. Las técnicas moleculares son herramientas valiosas para obtener esa información faltante. Este estudio evalúa cómo los protocolos de amplificación de fragmentos de genes pueden apoyar los registros de varamientos realizados en el campo en Chile al identificar, corroborar o corregir la identificación de las especies y el sexo de los individuos registrados. A través de una colaboración entre un laboratorio científico y una institución gubernamental en Chile, se analizaron 63 muestras. Treinta y nueve muestras fueron identificadas con éxito a nivel de especie. En total, se detectaron 17 especies de seis familias, incluyendo seis especies de interés para la conservación. De las 39 muestras, 29 correspondieron a corroboraciones de identificaciones de campo. Siete correspondieron a muestras no identificadas y tres a correcciones de identificaciones erróneas, sumando el 28% de las muestras identificadas. El sexo fue identificado con éxito para 58 de los 63 individuos. Veinte fueron corroboraciones, 34 eran previamente no identificados y cuatro fueron correcciones. Aplicar este método mejora la base de datos de varamientos de Chile y proporciona nuevos datos para futuras tareas de gestión y conservación.