El cólico en los caballos es una condición común que puede afectar diferentes órganos de la cavidad abdominal. En los últimos años, se han realizado intentos para asociar esta patología con cambios que ocurren en el microbioma intestinal. A través de un estudio de casos y controles, analizamos el microbioma intestinal de un grupo de caballos sanos y otro con cólico mediante secuenciación masiva de 16S rRNA para observar las diferencias en la composición bacteriana y funcionalidad de estos grupos. Los microbiomas intestinales de ambos grupos están dominados por los filos , , y . La abundancia de se correlacionó negativamente con y en caballos con cólico. Se predijo que el microbioma del cólico equino estaba enriquecido con vías de respiración aeróbica y degradación de ácidos grasos y aminoácidos, observaciones que indican diferencias discretas pero importantes en el microbioma intestinal de los caballos con cólico, que se correlacionan con una comunidad microbiana más proinflamatoria.