En el sur de Asia, la enfermedad de rizado de la hoja de algodón (CLCuD) es causada por un complejo de especies de begomovirus filogenéticamente relacionadas y un betasatélite específico, el betasatélite de rizado de la hoja de algodón de Multan (CLCuMuB). Se evaluaron las actividades de supresión de la silenciamiento génico post-transcripcional (PTGS) de la proteína activadora de la transcripción (TrAP), las proteínas C4, V2 y betaC1 codificadas por (CLCuKoV)/CLCuMuB. Se observó un grado variable de supresión del silenciamiento local para cada proteína viral probada, siendo la proteína V2 la que exhibió la actividad de supresión más fuerte y solo la proteína C4 previno la propagación del silenciamiento sistémico. Las proteínas TrAP, C4, V2 codificadas por CLCuKoV y betaC1 codificadas por CLCuMuB fueron expresadas y purificadas. Se demostró que TrAP se une a varios ácidos nucleicos pequeños y largos, incluyendo moléculas de ARN y ADN de cadena sencilla (ss) y de cadena doble (ds). C4, V2 y betaC1 se unieron a ssDNA y dsDNA con diferentes afinidades. La expresión transgénica de C4 bajo el promotor constitutivo 35S y betaC1 bajo un promotor inducible por dexametasona indujo severas anomalías en el desarrollo. Los resultados indican que las proteínas homólogas de incluso begomovirus bastante relacionados pueden diferir en su actividad supresora y mecanismo de acción. Se discute la importancia de estos hallazgos.