Con un alto potencial para generar biomasa, la paja de maíz se presenta como una materia prima sobresaliente para la producción de biocombustibles. La paja de maíz presenta la ventaja adicional de ser una explotación múltiple del cultivo como fuente de alimento, pienso y energía. En este estudio, se examinaron grupos contrastantes de líneas recombinantes endogámicas (RILs) de una población MAGIC de maíz de generación intercruzada avanzada multiparental que mostraron variabilidad en la eficiencia de sacarificación mediante espectroscopía FTIR-ATR para explorar las diferencias de composición entre los rendimientos altos y bajos de sacarificación. Los grupos de alta y baja eficiencia de sacarificación diferían en las características de composición de la pared celular: los RILs de alta sacarificación mostraban mayores proporciones de subunidades S, compuestos aromáticos y hemicelulosa en contraposición a los grupos de baja eficiencia de sacarificación en los que FTIR predecía mayores proporciones de lignina, más precisamente lignina más rica en subunidades G, y mayores proporciones de celulosa cristalina y ésteres metílicos de acetilo. La aplicación de la espectroscopía FTIR-ATR en este material nos permitió obtener una visión rápida y amplia de las características de composición de la pared celular en grupos contrastantes de eficiencia de sacarificación. Estos resultados nos ayudaron a profundizar en nuestro conocimiento sobre la relación entre la composición de la pared celular y el potencial de biorrefinación; también nos permitieron establecer nuevos objetivos para futuras investigaciones sobre la bioconversión lignocelulósica.