Análisis filogenético y diversidad genética de los aislados que causan la enfermedad de la pudrición roja de la caña de azúcar en Bangladés
Autores: Hossain, Md Imam; Ahmad, Khairulmazmi; Vadamalai, Ganesan; Siddiqui, Yasmeen; Saad, Norsazilawati; Ahmed, Osumanu Haruna; Hata, Erneeza Mohd; Adzmi, Fariz; Rashed, Osamah; Rahman, Muhammad Ziaur; Kutawa, Abdulaziz Bashir
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Análisis filogenético y diversidad genética de los aislados que causan la enfermedad de la pudrición roja de la caña de azúcar en Bangladés
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Causas
Enfermedad de la pudrición roja
Cultivo de caña de azúcar
Diversidad genética
Análisis filogenético
Aislamientos que infestan
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
El hongo causa la enfermedad de la pudrición roja en el cultivo de caña de azúcar en las regiones tropicales y subtropicales. Esta enfermedad causa pérdidas económicas significativas a la industria de producción de caña de azúcar. Las estrategias exitosas de manejo de enfermedades dependen de la comprensión de la relación evolutiva entre patógenos, diversidad genética y estructura poblacional, particularmente a nivel intraespecífico. Se recolectaron cuarenta y un aislamientos de diferentes fincas de caña de azúcar en Bangladés para identificación molecular, filogenia y estudio de diversidad genética. Se realizaron secuencias de cuatro genes, a saber, ITS-rDNA, Actina y GAPDH. Todos los 41 aislamientos mostraron un índice de similitud del 99-100% con las secuencias de genes conservados en la base de datos GenBank. El filograma de los cuatro genes reveló que los aislamientos de Bangladés se agruparon en el mismo clado y no se evidenció una estructuración geográfica distinta dentro del clado. Las secuencias de los cuatro genes revelaron que los aislamientos de Bangladés diferían de los aislamientos de otros países debido a la sustitución de nucleótidos en diferentes loci. La estructura genética de los aislamientos se determinó utilizando marcadores ISSR que generaron 404 loci polimórficos a partir de 10 marcadores seleccionados. El porcentaje de loci polimórficos fue del 99.01. La variabilidad genética a nivel de especie fue ligeramente mayor que a nivel de población. La diversidad genética media total a nivel de especie fue de 0.1732, mientras que a nivel de población fue de 0.1521. El análisis de clúster dividió los 41 aislamientos en cuatro grupos genéticos principales y el análisis de componentes principales fue consistente con el análisis de clúster. Hasta donde sabemos, este es el primer hallazgo sobre la caracterización de aislamientos que infestan la caña de azúcar en Bangladés. Los resultados de este estudio proporcionan información de referencia importante en relación con el análisis filogenético y el estudio de diversidad genética.
Descripción
El hongo causa la enfermedad de la pudrición roja en el cultivo de caña de azúcar en las regiones tropicales y subtropicales. Esta enfermedad causa pérdidas económicas significativas a la industria de producción de caña de azúcar. Las estrategias exitosas de manejo de enfermedades dependen de la comprensión de la relación evolutiva entre patógenos, diversidad genética y estructura poblacional, particularmente a nivel intraespecífico. Se recolectaron cuarenta y un aislamientos de diferentes fincas de caña de azúcar en Bangladés para identificación molecular, filogenia y estudio de diversidad genética. Se realizaron secuencias de cuatro genes, a saber, ITS-rDNA, Actina y GAPDH. Todos los 41 aislamientos mostraron un índice de similitud del 99-100% con las secuencias de genes conservados en la base de datos GenBank. El filograma de los cuatro genes reveló que los aislamientos de Bangladés se agruparon en el mismo clado y no se evidenció una estructuración geográfica distinta dentro del clado. Las secuencias de los cuatro genes revelaron que los aislamientos de Bangladés diferían de los aislamientos de otros países debido a la sustitución de nucleótidos en diferentes loci. La estructura genética de los aislamientos se determinó utilizando marcadores ISSR que generaron 404 loci polimórficos a partir de 10 marcadores seleccionados. El porcentaje de loci polimórficos fue del 99.01. La variabilidad genética a nivel de especie fue ligeramente mayor que a nivel de población. La diversidad genética media total a nivel de especie fue de 0.1732, mientras que a nivel de población fue de 0.1521. El análisis de clúster dividió los 41 aislamientos en cuatro grupos genéticos principales y el análisis de componentes principales fue consistente con el análisis de clúster. Hasta donde sabemos, este es el primer hallazgo sobre la caracterización de aislamientos que infestan la caña de azúcar en Bangladés. Los resultados de este estudio proporcionan información de referencia importante en relación con el análisis filogenético y el estudio de diversidad genética.