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Análisis filogenético y de redes de haplotipos de especies en China basado en secuencias de múltiples loci

Autores: Chaisiri, Chingchai; Liu, Xiangyu; Lin, Yang; Fu, Yanping; Zhu, Fuxing; Luo, Chaoxi

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2021

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Acceso abierto

Artículo científico
2021

Análisis filogenético y de redes de haplotipos de especies en China basado en secuencias de múltiples loci


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Enfermedades de las plantas
Región del espaciador interno transcrito ribosomal
Gen del factor de elongación de la traducción 1-alfa
Gen de la beta-tubulina
Gen de la calmodulina
Gen de la histona-3

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 22

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
se considera uno de los agentes causales más importantes de muchas enfermedades de las plantas, con un amplio rango de hospedadores en todo el mundo. En este estudio, se utilizaron múltiples secuencias de la región del espaciador interno transcrito ribosomal (ITS), el gen del factor de elongación de la traducción 1-alfa, el gen de la beta-tubulina, el gen de la calmodulina y el gen de la histona-3 para un análisis filogenético de múltiples loci. Para el análisis filogenético, se realizaron enfoques de máxima verosimilitud (ML), máxima parsimonia (MP) y Bayesianos inferidos (BI) para investigar las relaciones con especies estrechamente relacionadas. Los resultados apoyan fuertemente que la especie se encuentra en una línea monofilética, con las características de un complejo de especies. El análisis de la informatividad filogenética (PI) mostró que se podrían proponer límites claros utilizando, mientras que ITS mostró una reconstrucción ineficaz y, por lo tanto, no fue adecuado para establecer límites de especiación para la especie. Un conjunto de datos combinado de mostró una fuerte resolución para la especie, proporcionando información sobre el complejo. En consecuencia, además de las especies que ya se habían considerado sinónimos de otra especie, se revelaron tres especies más como sinónimos en este estudio. Para demostrar la diversidad genética de la especie en China, se seleccionaron aleatoriamente 138 aislados de estudios previos en 16 provincias. Estos aislados se obtuvieron de diferentes especies de plantas principales entre 2006 y 2020. La distancia genética se estimó con análisis filogenético y redes de haplotipos, y se reveló que existían dos haplotipos principales en las poblaciones chinas de la especie. Las redes de haplotipos estaban ampliamente dispersas y no estaban correlacionadas de manera única a poblaciones específicas. En general, nuestros análisis evaluaron la identificación filogenética de la especie y demostraron la diversidad poblacional de la especie en China.

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