Análisis exhaustivo de la relación filogenética y los codones óptimos en los genomas mitocondriales del género
Autores: Zhang, Cheng; Zhang, Shun; Tian, Zhe; Wang, Yajun; Xu, Shanliang; Wang, Danli
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Análisis exhaustivo de la relación filogenética y los codones óptimos en los genomas mitocondriales del género
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Organismos indicadores
Detección de contaminación del agua
Mitogenomas
Análisis comparativo
Relaciones filogenéticas
Historia evolutiva
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
Como organismos indicadores para la detección de la contaminación del agua, las especies juegan un papel vital en el monitoreo del medio ambiente acuático. Hemos secuenciado con éxito los mitogenomas de y descargado los mitogenomas de nueve peces más en GenBank para realizar un análisis comparativo detallado de sus relaciones filogenéticas e historia evolutiva. Los hallazgos revelaron una conservación tanto en la composición génica como en el orden de los genes. Excepto por el gen que carece de brazos de dihidroura-cilo, los otros 21 tARN mostraron la típica estructura secundaria en forma de trébol. Según el método RSCU, identificamos los siete codones óptimos más abundantes: CUA, GUA, CCA, CAA, GAA, AGC y GGC. La construcción de árboles de máxima parsimonia, máxima verosimilitud y Bayes produjo topologías congruentes, y las 11 especies se agruparon en dos grandes clústeres. Entre ellos, uno de los cuales estaba compuesto por , , y , mientras que las otras ocho especies formaron otro clúster, subdividido a su vez en cinco clústeres más pequeños. Se formaron clústeres distintos entre y , y , y y , y las otras dos especies se agruparon por separado, lo que mejora nuestra comprensión de ellas. Además, nuestros resultados de análisis de tiempos de divergencia revelaron que estas 11 especies experimentaron una rápida diferenciación en las épocas del Pleistoceno. En general, nuestro estudio arroja luz sobre la relación filogenética y la historia evolutiva de las especies, proporcionando una base de conocimiento necesaria para una mejor comprensión de las complejidades de la evaluación de la salud de un ecosistema.
Descripción
Como organismos indicadores para la detección de la contaminación del agua, las especies juegan un papel vital en el monitoreo del medio ambiente acuático. Hemos secuenciado con éxito los mitogenomas de y descargado los mitogenomas de nueve peces más en GenBank para realizar un análisis comparativo detallado de sus relaciones filogenéticas e historia evolutiva. Los hallazgos revelaron una conservación tanto en la composición génica como en el orden de los genes. Excepto por el gen que carece de brazos de dihidroura-cilo, los otros 21 tARN mostraron la típica estructura secundaria en forma de trébol. Según el método RSCU, identificamos los siete codones óptimos más abundantes: CUA, GUA, CCA, CAA, GAA, AGC y GGC. La construcción de árboles de máxima parsimonia, máxima verosimilitud y Bayes produjo topologías congruentes, y las 11 especies se agruparon en dos grandes clústeres. Entre ellos, uno de los cuales estaba compuesto por , , y , mientras que las otras ocho especies formaron otro clúster, subdividido a su vez en cinco clústeres más pequeños. Se formaron clústeres distintos entre y , y , y y , y las otras dos especies se agruparon por separado, lo que mejora nuestra comprensión de ellas. Además, nuestros resultados de análisis de tiempos de divergencia revelaron que estas 11 especies experimentaron una rápida diferenciación en las épocas del Pleistoceno. En general, nuestro estudio arroja luz sobre la relación filogenética y la historia evolutiva de las especies, proporcionando una base de conocimiento necesaria para una mejor comprensión de las complejidades de la evaluación de la salud de un ecosistema.