La región del bosque de frutas silvestres de Tianshan es un repositorio vital de biodiversidad vegetal, particularmente rica en los recursos genéticos únicos de plantas medicinales endémicas en este nicho ecológico. Sin embargo, las actividades humanas como la minería no regulada y el pastoreo excesivo han llevado a una reducción significativa en la diversidad de estas plantas medicinales. Este estudio representa la primera aplicación de la codificación de ADN a 101 plantas medicinales encontradas en los bosques de frutas silvestres de Tianshan, utilizando tres loci genéticos junto con métodos de identificación morfológica. Se realizó un análisis filogenético para delinear las relaciones entre especies. Los resultados indican que la región del espaciador transcrito interno (ITS) ha sido identificada como el código de barras más confiable para la identificación de especies en diferentes familias, mientras que la combinación de datos de múltiples segmentos de genes puede mejorar la detección de especies. Además, se empleó el Proceso de Jerarquía Analítica (AHP) para evaluar y priorizar las 101 plantas medicinales, destacando 23 especies como candidatas para esfuerzos de conservación urgentes en la región. Los enfoques y perspectivas de este estudio proporcionan un punto de referencia significativo para los estudios de codificación de ADN sobre plantas medicinales de importancia local y establecen un marco evaluativo para la conservación de la biodiversidad y la vigilancia de los recursos genéticos entre las plantas medicinales en el área del bosque de frutas silvestres de Tianshan.