El ADN mitocondrial, típicamente caracterizado por su estructura circular y herencia materna, proporciona información genética esencial para reconstruir la historia evolutiva de las especies. Informamos sobre los primeros genomas mitocondriales completos de dos peces costeros. Los análisis filogenéticos utilizando estos y los genomas mitocondriales publicados aclaran las relaciones dentro de los peces espariformes: Nemipteridae (pescadillas de hilo) se recupera como hermana de Sparidae (porgies), mientras que Lethrinidae (emperadores) ocupa una posición más basal en relación con ese clado. También encontramos una rara duplicación de un gen de ARN de transferencia, mostrando que la estructura mitocondrial puede cambiar. Estos mitogenomas recién caracterizados facilitan la distinción taxonómica y proporcionan datos moleculares robustos para reconstruir la historia evolutiva de los peces espariformes.