El género presenta desafíos significativos para la clasificación sistemática debido a la extensa hibridación y radiación adaptativa. Aquí, empleamos la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción de doble digestión (ddRAD-seq) para resolver las relaciones filogenéticas entre nueve especies ecológicamente significativas (34 accesiones) endémicas de la provincia de Zhejiang, China, un hotspot de biodiversidad para este género. Usando como genoma de referencia, generamos 39.40 Gb de datos de secuenciación de alta calidad con una puntuación Q30 del 96.65% y un contenido de GC del 39.63%, logrando una tasa de alineación promedio del 92.79%. A través de un filtrado estricto (QD >= 2, MQ >= 40), identificamos 14,048,702 polimorfismos de nucleótido único (SNP) en todo el genoma, caracterizados predominantemente por los tipos de mutación T:A>C:G y C:G>T:A. La variedad extendida y var. exhibieron una diversidad genética significativa, mientras que la variedad extendida de baja altitud y la endémica mostraron una menor diversidad genética. Se observó una diferenciación genética moderada ( = 0.097) entre y var., mientras que se detectó una diferenciación genética sustancial entre las otras especies. El análisis de componentes principales (PCA), combinado con la reconstrucción filogenómica, demostró que el género puede ser estratificado en seis clados genéticos bien soportados. Además, este estudio proporciona la primera validación genómica de la relación entre y su variedad, var., y aclara la posición sistemática de, sugiriendo que debería clasificarse como un nuevo subgénero. Este estudio establece ddRAD-seq como una herramienta rentable, proporcionando tanto un marco teórico para la filogenética basada en SNP como información crítica para conservar la biodiversidad de azaleas en China.