Investigaciones previas demostraron la distribución de comunidades microbianas distintas en el intestino posterior equino alrededor de la flexura pélvica. El estudio actual evaluó la expresión génica en tejidos epiteliales que rodean la flexura pélvica para caracterizar patrones que podrían correlacionarse con la distribución microbiana. La expresión génica se determinó analizando datos de secuenciación de ARN de la flexura pélvica, el colon ventral izquierdo y derecho, y el colon dorsal izquierdo y derecho. Se expresaron un promedio de 18,330 genes en los cinco tejidos muestreados. La mayoría de los genes mostraron algún nivel de expresión en los cinco tejidos. También se observaron patrones de expresión restringidos a tejidos. Los genes con expresión restringida en los colones ventral izquierdo y dorsal izquierdo tienen funciones de comunicación, señalización y regulación que se correlacionan con su fisiología conocida. En contraste, los genes expresados exclusivamente en la flexura pélvica tienen funciones diversas. La ontología de los genes expresados diferencialmente entre la flexura pélvica y los tejidos circundantes se asoció con funciones inmunitarias y procesos de señalización. A pesar de no ser significativos, estas tendencias de enriquecimiento fueron reforzadas por las funciones de diferencias de expresión estadísticamente significativas entre los tejidos del intestino posterior. Estos resultados proporcionan información sobre la fisiología del epitelio del intestino posterior equino que podría influir en la microbiota y su distribución.