Los jasmonatos, incluyendo el ácido jasmonico (JA) y sus derivados como el metil jasmonato (MeJA) o la isoleucina jasmonil (JA-Ile), regulan las respuestas de las plantas a diversos estreses bióticos y abióticos. En este estudio, aplicamos MeJA exógeno sobre hojas sometidas a heridas y realizamos un análisis de secuenciación profunda del transcriptoma a 1 (T1), 3 (T3), 6 (T6) y 24 (T24) horas después de la inducción de MeJA, junto con el control de pretreatment a 0 horas (T0). De 18,883 genes mapeados, identificamos 10,048 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre el punto de tiempo T0 y al menos uno de los cuatro tiempos de tratamiento. Detectamos la mayor cantidad de DEGs en T3, seguido de T6, T1 y T24. Observamos la regulación al alza de genes relacionados con la biosíntesis de JA tras la aplicación exógena de MeJA. De manera similar, los niveles de transcriptos de genes relacionados con la biosíntesis de flavonoides aumentaron después de la aplicación de MeJA y tendieron a alcanzar su máximo en T6. En concordancia, los flavonoides kaempferol y quercetina alcanzaron su mayor acumulación en T24, mientras que los niveles de las antraquinonas aloe-emodina, emodina y citreoroseína se mantuvieron constantes hasta T24. Este estudio destaca un aumento en la biosíntesis de flavonoides tras la aplicación de MeJA y el daño mecánico, mientras que no se observa una influencia significativa en la biosíntesis de antraquinonas. Estos resultados proporcionan información sobre las distintas vías regulatorias de la biosíntesis de flavonoides y antraquinonas en respuesta a MeJA y al daño mecánico.