(Burk.) F. H. Chen, una especie del género Panax, se ha utilizado tradicionalmente para tratar diversas enfermedades hematológicas y cardiovasculares desde tiempos antiguos en Asia Oriental. Produce semillas recalcitrantes que son sensibles a la deshidratación y difíciles de almacenar durante mucho tiempo. Sin embargo, hay pocos datos disponibles sobre el mecanismo de la sensibilidad a la deshidratación de las semillas. Para obtener una perspectiva integral de los genes asociados con la sensibilidad a la deshidratación, se prepararon bibliotecas de cDNA de semillas bajo procesos de control y deshidratación de manera independiente para la secuenciación de Illumina. Los datos generaron un total de 70,189,896 lecturas que se integraron y ensamblaron en 55,097 unigenes con una longitud media de 783 pb. En total, se identificaron 12,025 genes expresados diferencialmente (DEGs) durante el proceso de deshidratación. Entre estos DEGs, se incluyeron varios genes relacionados con el metabolismo central, la red hormonal, los ácidos grasos y el ascorbato-glutatión. Nuestros datos proporcionan un recurso integral para identificar los genes asociados con la sensibilidad a la deshidratación de las semillas.